MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Jannaschia sp. CCS1 plasmid1

Total Repeats: 146

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007801	TGGT	2	8	31	38	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007801	TGGG	2	8	58	65	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007801	ATG	2	6	1555	1560	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007801	TGA	2	6	1652	1657	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007801	AGC	2	6	1828	1833	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_007801	GCC	2	6	1844	1849	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_007801	TCA	2	6	2648	2653	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_007801	CGG	2	6	2665	2670	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_007801	GGC	2	6	4194	4199	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_007801	GC	3	6	5091	5096	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11	NC_007801	CG	3	6	5139	5144	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
12	NC_007801	GCGG	2	8	5173	5180	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
13	NC_007801	CGG	2	6	5241	5246	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_007801	TCAT	2	8	7039	7046	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_007801	CGT	2	6	7071	7076	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_007801	AAC	2	6	7539	7544	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_007801	TTC	2	6	8588	8593	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_007801	GC	3	6	8614	8619	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
19	NC_007801	GGA	2	6	9346	9351	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007801	ACC	2	6	9355	9360	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_007801	TTCG	2	8	9364	9371	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_007801	CTG	2	6	10225	10230	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_007801	TGC	2	6	10235	10240	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_007801	GAGG	2	8	10322	10329	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007801	GC	3	6	10330	10335	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
26	NC_007801	CGT	2	6	10341	10346	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_007801	GAT	2	6	10370	10375	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007801	GCC	2	6	13402	13407	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
29	NC_007801	CGC	2	6	13415	13420	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_007801	CAG	2	6	13498	13503	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_007801	CCCA	2	8	13522	13529	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
32	NC_007801	TTCGC	2	10	14529	14538	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_007801	ACA	2	6	14539	14544	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_007801	G	7	7	14552	14558	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007801	CGT	2	6	14577	14582	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_007801	C	6	6	14648	14653	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
37	NC_007801	GCG	2	6	14694	14699	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_007801	ACC	2	6	14724	14729	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_007801	GA	3	6	14740	14745	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007801	GAA	2	6	14809	14814	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007801	ATA	2	6	15184	15189	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007801	AT	4	8	15203	15210	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007801	CACGCA	2	12	18092	18103	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
44	NC_007801	GCC	2	6	18139	18144	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_007801	CAG	3	9	18155	18163	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_007801	GCCG	2	8	18164	18171	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
47	NC_007801	CG	3	6	18186	18191	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
48	NC_007801	ATT	2	6	18338	18343	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007801	CGG	2	6	18357	18362	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_007801	CTT	2	6	18391	18396	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_007801	GCA	2	6	18576	18581	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_007801	CCG	2	6	19151	19156	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_007801	TGCCC	2	10	21265	21274	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
54	NC_007801	TTG	2	6	21282	21287	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007801	ACCA	2	8	21937	21944	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_007801	CA	3	6	24538	24543	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_007801	AAT	2	6	24595	24600	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_007801	CAG	2	6	24607	24612	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_007801	AG	3	6	24649	24654	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007801	CG	3	6	25411	25416	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
61	NC_007801	ACA	2	6	25432	25437	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_007801	TTC	2	6	25449	25454	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_007801	AG	3	6	25478	25483	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_007801	A	6	6	25568	25573	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007801	T	6	6	25611	25616	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007801	T	6	6	25642	25647	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007801	GTT	2	6	25730	25735	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007801	CTT	2	6	25749	25754	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_007801	CAA	2	6	25758	25763	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_007801	A	6	6	29333	29338	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007801	GC	3	6	29389	29394	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
72	NC_007801	TGT	2	6	29419	29424	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007801	GAT	2	6	31130	31135	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007801	GACG	2	8	31151	31158	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
75	NC_007801	CCT	2	6	31215	31220	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_007801	CAA	2	6	31224	31229	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_007801	GC	3	6	35129	35134	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
78	NC_007801	GAC	2	6	38541	38546	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_007801	C	6	6	43628	43633	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
80	NC_007801	AAC	2	6	43677	43682	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_007801	GCT	2	6	43722	43727	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_007801	T	6	6	43730	43735	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007801	GTG	2	6	43736	43741	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007801	CAA	2	6	43761	43766	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_007801	GTG	2	6	43842	43847	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007801	GC	3	6	45398	45403	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
87	NC_007801	C	6	6	48972	48977	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
88	NC_007801	GTG	2	6	48989	48994	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007801	ATA	2	6	49882	49887	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007801	AGA	2	6	49942	49947	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007801	TAT	2	6	49949	49954	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_007801	A	6	6	49974	49979	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_007801	CGTT	2	8	50119	50126	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_007801	CGAT	2	8	54417	54424	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_007801	CTG	2	6	54548	54553	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_007801	CCG	2	6	54600	54605	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_007801	CCCTT	2	10	54621	54630	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
98	NC_007801	AATG	2	8	54677	54684	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007801	T	6	6	54808	54813	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007801	ACTGA	2	10	54826	54835	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_007801	GCA	2	6	54855	54860	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_007801	ACA	2	6	58106	58111	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_007801	TAGT	2	8	60684	60691	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_007801	A	6	6	60723	60728	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_007801	T	6	6	60733	60738	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_007801	T	6	6	60745	60750	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_007801	ATC	2	6	60775	60780	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_007801	A	7	7	60887	60893	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007801	CTG	2	6	63963	63968	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_007801	T	6	6	67762	67767	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_007801	CAT	2	6	67782	67787	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_007801	TA	3	6	67791	67796	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_007801	TGAA	2	8	67798	67805	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_007801	GTCAG	2	10	69150	69159	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
115	NC_007801	GCA	2	6	69188	69193	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_007801	AGAT	2	8	69276	69283	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_007801	CGTCT	2	10	69300	69309	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
118	NC_007801	AAG	2	6	71171	71176	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_007801	TGT	2	6	71266	71271	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007801	TCT	2	6	71299	71304	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_007801	TAG	2	6	71382	71387	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_007801	GC	5	10	71391	71400	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
123	NC_007801	CAGT	2	8	71403	71410	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_007801	TTG	2	6	71415	71420	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_007801	TCG	2	6	71421	71426	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_007801	ACTTT	2	10	72309	72318	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_007801	T	7	7	72316	72322	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_007801	CTT	2	6	73161	73166	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_007801	GCAC	2	8	73197	73204	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
130	NC_007801	G	6	6	74370	74375	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
131	NC_007801	TCA	2	6	74379	74384	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_007801	GACA	2	8	76222	76229	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_007801	TCGC	2	8	76304	76311	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
134	NC_007801	CTGG	2	8	76319	76326	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
135	NC_007801	C	6	6	77588	77593	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
136	NC_007801	GCG	2	6	77674	77679	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_007801	AG	3	6	77696	77701	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
138	NC_007801	TGA	2	6	77712	77717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_007801	GGAA	2	8	77855	77862	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_007801	GGC	2	6	78951	78956	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_007801	CG	3	6	79829	79834	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
142	NC_007801	CAAT	2	8	79965	79972	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_007801	CG	3	6	85020	85025	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
144	NC_007801	AAGA	2	8	85031	85038	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_007801	T	6	6	85059	85064	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_007801	GAG	3	9	85141	85149	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.